ปัญหาด้านองค์กรงบประมาณ

1) รูปแบบขององค์กรไม่สอดคล้องกับระบบงบประมาณที่ใช้อยู่องค์กรงบประมาณ
โดยทั่วไปอยูใ่ นรูปแบบเก่าไม่ได้จัดในลักษณะแผนงาน ทำ ให้งานบางด้านขาดหายไป
2) ศักยภาพขององค์กรขาดความพร้อมในหลายด้าน เช่น ความพร้อมของเจ้าหน้าที่
ปฏิบัติงานทั้งด้านปริมาณและคุณภาพขาดความพร้อมเครื่องมือเครื่องใช้ที่ทันสมัยอย่างพอเพียง
องค์กรขาดความสามารถในการปรับตัวให้สอดคล้องกับเหตุการณ์ที่มีผลต่อการจัดการงบประมาณ
3) ขาดการจัดองค์กรตามทฤษฎีองค์กรและการบริหารที่ดี ซึ่งการบริหารที่ดีนั้นจะต้อง
คำ นึงถึงหลักการบริหารและหลักขององค์กร ได้แก่ การวางแผน การจัดองค์กร การจัดบุคลากร
การกำ กับดูแล การประสานงาน การรายงาน และการจัดงบประมาณให้มีประสิทธิภาพ
4) การจัดองค์กรงบประมาณยังให้ความสำ คัญไม่เท่าเทียมกันในแต่ละด้าน